Линия Орочимару.
Какаши получил от Цунаде миссию, доставить Саске обратно в Коноху. Так как все предыдущие попытки провалились, на задание послали специалиста экстра-класса. Себе в напарники Какаши взял Гекко Хайате. Когда они прибыли в Звук, оказалось, что ни Саске, ни Орочимару, ни Кабуто на месте нет. Это было очень удобно, потому что дополнительным заданием Хатаке было выяснить на месте будущие планы Орочимару. Для этого Цунаде дала ему самое сильное снадобье, которое должно было бы усыпить и на время обезвредить Змея - это увеличило бы шансы Какаши на выполнение миссии.
Пока Орочимару с верным помощником Кабуто доставляли сбежавшего Саске обратно, Хатаке Какаши пробовал выяснить интересующую Цунаде информацию, но выяснить ему ничего не удалось, документы были запечатаны. Поэтому он подменил лекарство в покоях саннина на снадобье Цунаде.
Орочимару и Кабуто приносят израненного Саске в Логово, и вместе с ними приходит Сакура. Это стало неожиданностью для Хатаке, он предположил, что Сакура тоже стала нукенином. Он решил не рисковать и забрал только Саске. Так как снадобье не сработало в полную мощность, Орочимару сумел остановить Какаши и вернуть раненого Саске обратно. Какаши сажают в подземную темницу, а Саске начинают мучить угрызения совести, хоть он полностью отказался от своего прошлого. Он хочет тайком пробраться к своему учителю и побеседовать с ним. Это ему удается. Какаши старается переубедить Саске и уговорить его вернуться в Коноху. Команда из Конохи, которая позже подойдет в Ото, освобождает Хатаке из плена.
Напарник Копирующего ниндзя Гекко Хайате, оказывается предателем и переходит на сторону Змея, но точно неясно, сделал ли он это по собственному желанию, или ему были даны особые секретные указания. Орочимару дарит ему Проклятую Печать, но до конца не доверяет. Он полезен саннину как бывший экзаменатор, потому как у него связи в Конохе и доступ к секретным документам всех юных шиноби. Самое лучшее – воспользоваться этим для вербовки способных детей.
На Сакуру у Змея свои планы: ему нужно добыть информацию о технике Божественного Восстановления, специальной технике Пятой. Зная, что ему не убедить Сакуру работать на него даже ради Саске, а также то, что Сакура не выживет после Проклятой Печати, Орочимару вливает ей отравленную кровь Саске. Это действует, но не в полную силу. Неоднократные инъекции делают Сакуру более послушной, тогда она охотно разъясняет Кабуто все, чему ее обучила Цунаде, но иногда бывают моменты, когда она приходит в себя и готова убить любого на своем пути. К счастью, это случается редко. Целью всего этого является то, чтобы во-первых, выяснить всю необходимую информацию о навыках Сакуры, которым она обучилась у Пятой, и если этого будет недостаточно – убить Сакуру на глазах у Цунаде. Это задание выполняет Кабуто (контроль за Сакурой и ее убийство), поскольку саннин не хочет непредвиденных обстоятельств. Цунаде не сможет принять такую жертву и, разумеется, спасет свою ученицу. При этом она делится с Сакурой своими знаниями о технике Божественного Восстановления. Что произойдет дальше, получит или нет Орочимару заветную технику – будет видно по мере продвижения игры.
Линия Акацук.
Акацуки продолжают охоту на джинчуурики. Как и в прежнем сценарии, Девятихвостый – их цель, но поскольку все попытки захватить Наруто в бою проваливаются, они решают подобраться к нему издалека. На данный момент у них есть возможность заполучить сразу двух – Гоби и Шикаку. Хидан и Какузу уже встречались с Мэй, но той удалось уйти в Страну Водопадов. В это время в столице этой страны проходит собрание пятерки Каге главных селений. На встречу приглашен и Гаара. Направляясь на саммит, Гаара встречает Мэй и Темари, которые отдыхали в лесу после боя с Акацками. По следу Шикаку уже идут Сасори-но-Данна и Дейдара. Так как приказ Пейна застал их в разных местах, то они решили встретиться уже на месте. Таким образом, Сасори, Дейдара, Хидан и Какузу оказываются в одном месте и в одно и то же время. По крайней мере те, кто есть на данный момент будут там. Начинается бой. Гаара отсылает Темари за помощью в Столицу Водопадов, сам сражается с Акацками и пытается защитить Мэй. Акацки, конечно, с понтами, этого у них не отнять – либо художник, либо пророк, поэтому они предпочитают работать на публику. Сасори дерется с Гаарой, Хидан – с Мэй. Темари успевает привести помощь и Акацки вынуждены отступить, потому что Хидану уже удалось ранить Мэй. Как бы ему ни хотелось провести ритуал немедленно, его приходится отложить до прибытия на основную базу. Итачи с Кисаме ждут в убежище, пока придут остальные с хвостатой. Хидан проводит ритуал, затем Акацки извлекают биджуу. Главы Селений спасают Гаару (странно только, что Цунаде там не будет, но ее может кто-то заменить), Гаара переживает из-за того, что не смог спасти Гоби, поэтому становится опять злым и готов всех убивать. Грозится разрушить мир шиноби, чтобы найти Акацек. В это время Сасори вынашивает планы по убийству Орочимару и хочет это сделать через Кабуто.
Опять Орочимару - вместе с Конохой.
Гениальный план по подрыву сил Конохи и других деревень после овладения техникой Пятой (или не-овладения, но тогда берегитесь) становится более осуществимым. К тому времени Гекко уже подготовил неплохой список тех, кто может пополнить ряды Звука. Саске после пленения Какаши стал с одной стороны совсем неуправляемый, жаждет еще большей силы и (опять же) мечтает отомстить Итачи, с другой – он терзается пленением из-за него его бывшего сэнсэя и он готов идти на уступки Орочимару. Кабуто не против что-нибудь проверить на заключенном, но это известно только ему одному. Вербовка с помощью Гекко проходит великолепно, гипнотические дзюцу саннина тоже играют не последнюю роль. Шикамару (из-за устойчивости к гендзюцу и его аналитического ума) – один из претендентов на «подарок от саннина». Завербованные проходят тренировку с Саске (спасибо пленному Хатаке, для них это смертельным не будет).
Вообще пополнение в рядах сторонников Орочимару будет устроено им как предательство, здесь все по-прежнему. Свидетелей будет достаточно, и этих чиунинов объявят предателями. В это время Орочимару меняет свою базу, потому что Коноховцы, разгуливающие здесь как у себя дома, его, откровенно говоря, достали.
Линия Конохи.
Цунаде пока еще не догадывается, что с Сакурой что-то случилось, но все-таки чувствует беспокойство. Гекко, как мы знаем, предоставил необходимые документы о юных шиноби Орочимару. Поэтому когда, окончательно обеспокоенная исчезновением своей помощницы, а также не получившая отчет о результатах миссии Какаши Цунаде посылает две группы на ее поиск – это только на руку саннину. В группы входят Неджи, Шикамару, Ино, Сай, Киба и Хоши. Помимо задания Цунаде, Сай получил персональное задание от Данзо – убить Гекко, а возможно и Сакуру. Придя в Звук, шиноби попадают в лапы к Орочимару. Что с ними произойдет – это по ходу действия, но именно после этого Сакуру поведут к Цунаде за техникой Божественного Восстановления.
Наруто по доброте душевной отпущенный саннином, готов отомстить всем и каждому. Так как Орочимару скрылся и нет возможности его обнаружить, Наруто и оставшиеся с ним вспоминают о джинчуурики Мэй, о которой они слышали раньше. Наруто вспоминает о Гааре и о слухах в Конохе, что какого-то джинчуурики захватили Акацки. Ослепленный поисками Сакуры, он не придал этому значения, но теперь стал беспокоиться и подбивать всех отправиться проверить. Так как никто не знает где искать, то они решают возвратиться в Коноху, но по пути встречают человека, который заменял Цунаде во время саммита в Водопаде. Саммит был посвящен как раз охоте на Акацук и на Орочимару. Каждый из правителей принял собственное решение, то есть консенсуса они не достигли, поэтому Суна будет искать Акацек, а Коноха – Орочимару. Посол рассказывает о произошедшем и старается успокоить Наруто тем, что по следу Акацук пустили команду поиска. Наруто сомневается в эффективности этого и убеждает всех идти на поиски. Человек ему объясняет дорогу и приблизительное направление, куда отправилась команда поиска. Наруто с товарищами идут на поиски Логова, находят, и тут их встречает кто-то из Акацук – посмотрим, кто на то время будет самым активным и деятельным. Гаара тоже уже здесь. Наруто или Гаара, возможно, тоже попадут в руки Акацук, и тогда их тоже надо будет выручать. Вторая часть Коноховцев, которую захватил Орочимару, отправляется с ним на его новую базу.
Линия Сунны.
Гаара возвращается с Темари домой, но никак не может успокоиться после того, как на его глазах забрали Гоби. Он принимает решение действовать самостоятельно. Не так давно он занялся изучением действия бериллиевой пыли на организм человека, а также его заинтересовали некоторые исследования, касательно урановых руд. Испробовав однажды маленькую пробную атомную бомбу и едва не разворотив весь Водопад, Гаара решил серьезно заняться Акацуками. Для этого он создает свое новое секретное оружие и отправляется на поиск Логова. Старшая сестра помогает ему по мере своих сил и возможностей, и отправляется вместе с ним. Неподалеку от логова Гаара встречается с Наруто и его командой. Они вместе атакуют Логово. Действия могут повернуться непредсказуемо.
Сюжет 
- банально, но... Добрая и всегда готовая прийти на помощь, администрация.
- Первый, и самый главный - это текучесть кадров -_-" Многие легли под гнётом кризиса, и не могут к нам заходить.
